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首先是围绕问题收集资料和探究资料，固然在课题探究或临床观察之前，已对有关资料和学术动态进行了搜集和分析，但是在写作科研论文时仍要查阅大量有关文献查阅搜集文献在整个科研和写作过程中的重要性及必要性。
搜集医学论文需要的文献资料应注重以下几方面的内容摘要：①在方法上沿用前人的，或在前人的基础上加以改进的;②在理论熟悉上支持本文观点的;③前人探究的结论和自己文章所述不同，需要加以说明的将这些资料搜集好后，编好序号，以备撰写文章时使用。
构思是对整个文章的布局、顺序、层次、段落、内容、观点、材料、怎样开头和结尾的思维，构思是写文章不可缺少的预备过程，构思时文章的主题中心要明确，用以表现的材料要充分、典型、新奇，结构上要严谨、环环相扣，只有潜心构思，才能思流畅，写好提纲和文章。
拟定提纲，一方面可帮助作者从全局着眼，明确层次和重点，文章才写得有条理，结构严谨。另一方面，通过提纲把作者的构思、观点用文字固定下来，做到目标明确，主次分明，随思的进一步深化，会有新的问题、新的方法和新观点的发现，使原来的构思得到修改和补充完善。
提纲是论文的轮廓，应尽量写得具体一些，提纲的拟写多采用标题式和提要式两种。标题式提纲，以简明的标题形式把文章的内容概括出来，用最简明的词语标示出某部分或某段落的主要内容，这样既简明扼要，又便和记忆，是医学科研工作者常用的写作方法。
拟写草稿就是根据提纲，把要写的内容依次连接起来，把实验数据和资料进行回类分析。它是对论文内容和形式的再创造过程，也是论文最重要的阶段。
草稿的拟写方法有多种，实验探究论文的撰写多采用顺序写作法，即按照医学论文的规范体例或提纲顺序阐述自己的观点，分析实验数据。也可采用分段写作法，此种写作法多是作者对论文的中心论点已经明确，或提纲已形成，但对某一层次的内容没有把握或没有考虑成熟，而暂放一下，可先写好已经成熟的段落内容，待内容成熟或进一步实验后再写作。
修改是医学论文中不可缺少的工作。无论是初写者还是经验丰富的作者，在初稿完成后都要经过一番审读、推敲、修改才能定稿。有人以为完成初稿只是完成写作的一半工作。作者把自己的科研以论文的形式表达出来，并不是一件轻易的事情搞科研费心事，写作费心事，修改更费心事。修改是对初稿内容的进一步深化和进步，对文字进一步加工和润色，对观点进一步订正。